La scomparsa di Achille Bortolotti
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Gli anni '90: la scomparsa di Achille Bortolotti
Il nuovo decennio inizia all'insegna della continuità e con l'arrivo dell'asso argentino Claudio Paul Caniggia i nerazzurri si rafforzano ulteriormente e con un buon 7° posto, riescono di nuovo nella qualificazione europea dell'anno precedente. In un clima di gioia si abbatte però sull'Atalanta la tragedia della morte del presidente Achille Bortolotti, perito in un incidente stradale. La presidenza torna così al padre Achille Bortolotti, che traghetterà la società fino all'acquisto del pacchetto azionario da parte dell'immobiliarista Antonio Percassi. Nel 1992 nascerà in sua memoria il prestigioso Trofeo Bortolotti cui hanno preso parte prestigiose squadre italiane ed estere. Si succedono tre anni di tranquilla permanenza in Serie A in cui si alterneranno allenatori come Giorgi e Lippi. I piazzamenti di centro classifica non consentono però di accedere al proscenio europeo. Si tenta il rilancio nella stagione 1993-94 ma come spesso accade in questi casi, tutto va male e l'Atalanta, penultima in classifica, retrocede in Serie B. Nel frattempo Percassi cede la proprietà a Ivan Ruggeri, già vice presidente con Cesare Bortolotti. Arriva sulla panchina Emiliano Mondonico. Immediato è il riscatto dei bergamaschi che ritornano nella massima serie, Negli anni successivi approdano a Bergamo giovani giocatori e si forma la coppia del gol Christian Vieri e Filippo Inzaghi. Sarà proprio quest'ultimo nel 1996/97 a vincere unico giocatore nerazzurro della storia, il titolo di capocannoniere in Serie A, con ben 24 centri. La buona stagione è offuscata dalla tragica scomparsa dell'attaccante Federico Pisani, cui sarà intitolata la curva Nord dello stadio di Bergamo. L'anno dopo la squadra non tiene fede alle attese e retrocede nuovamente tra i cadetti dove resterà per due anni consecutivi.
Gli anni Duemila:
Con la guida tecnica Giovanni Vavassori, vecchia gloria orobica l'Atalanta centra la Serie A facendo largo uso di numerosi giovani cresciuti nel proprio vivaio. L'entusiasmo è tale che nei primi mesi autunnali del campionato 2000/01, l'Atalanta si ritrova al comando giocando un calcio divertente e redditizio. A fine stagione otterrà un settimo posto soddisfacente. Nasce così il mito dei i Vavassori boys che rimangono 15 partite senza subire sconfitte e il consuntivo di fine stagione parla di 28 turni su 34 nelle prime sei posizioni della classifica, 20 settimane trascorse occupando i primi quattro posti della graduatoria. Il tutto condito da quattro giocatori nerazzurri convocati nella nazionale di Trapattoni (i gemelli Zenoni, Zauri e Doni). In Coppa Italia l'Atalanta manca il successo di un soffio. In finale la Fiorentina si dimostra più forte e vince entrambi gli incontri. Il presidente Ruggeri cerca allora di far fare il salto di qualità alla squadra credendo di acquistare buoni giocatori. I risultati saranno deludenti: la stagione termina con la nona ma con un punto in più rispetto alla stagione precedente. Lascia la sua impronta sulla stagione dei bergamaschi Cristiano Doni, autore di 16 gol che gli valgono la convocazione per i mondiali nippo-coreani, dove poi gioca da titolare due delle quattro gare disputate dall'Italia di Trapattoni.
Ma il miracolo non si ripete, e l'anno seguente la "banda" allenata da Vavassori retrocede al termine di una stagione difficile, culminata con l'esonero dell'allenatore e la sconfitta nello spareggio-salvezza giocato contro la Reggina. Il purgatorio della serie B durerà solo dodici mesi. Si risale immediatamente con la guida tecnica di Andrea Mandorlini. Verrà esonerato e sostituito a metà stagione 2004-05 da Delio Rossi che tenta il miracolo grazie ai nuovi rinforzi. I bergamaschi rimangono in lizza per la salvezza ma si devono arrendere alla penultima giornata, quando la Roma espugna per 1-0 l'Atleti Azzurri d' Italia. Ci si affida quindi al giovane tecnico romano Stefano Colantuono, che riporta nella categoria superiore la squadra dopo un solo anno di assenza. È una stagione da record per la serie cadetta, concludendo al primo posto senza particolari affanni. L'Atalanta chiude infatti il torneo cadetto dominando la classifica (81 punti), risultato ottenuto solo altre tre volte in 99 anni di storia nerazzurra (1939/40, 1958/59 e 1983/84). La promozione, in assoluto la più veloce per il club orobico, viene conquistata con ben tre giornate di anticipo. L'Atalanta si conferma regina delle promozioni. In Serie A l'Atalanta si regala un ottimo ottavo posto, a ridosso della zona Uefa, ponendosi come una delle rivelazioni della massima serie. Colantuono emigra a Palermo e sulla panchina siede Luigi Del Neri. Gli viene affidata una squadra competitiva per ottenere una tranquilla salvezza che arriva con un buon nono posto. A gennaio 2008 un aneurisma colpisce il presidente Ruggeri. Il 3 settembre 2008 viene nominato presidente il figlio Alessandro.
