Il ritorno di Percassi

Per l'anno successivo il presidente Alessandro Ruggeri ingaggia Angelo Gregucci come nuovo allenatore al posto di Del Neri. La sua avventura sulla panchina neroazzurra però si conclude già il 21 settembre 2009 quando, dopo quattro sconfitte in altrettante partite di campionato, viene esonerato in favore di Antonio Conte, ex tecnico di Arezzo e Bari. Quest'ultimo, però, in seguito alla brutta sconfitta casalinga subìta per mano del Napoli il 7 gennaio 2010, e complice una pesante discussione con la tifoseria atalantina, si dimette dopo aver conquistato 13 punti in altrettante partite ed aver ottenuto l'eliminazione dalla Coppa Italia per mano del Lumezzane. La società decide allora di affidare temporaneamente la panchina all'allenatore della Primavera Walter Bonacina, vecchia gloria neroazzurra, ingaggiando dopo una sola partita Bortolo Mutti, alla sua seconda esperienza alla guida della squadra bergamasca. Il rendimento migliora tra le mura amiche, dove arrivano diversi buoni risultati che tengono la squadra in corsa per la salvezza fino a fine stagione, non supportato però dai risultati ottenuti in trasferta: in tutto il girone di ritorno i bergamaschi riescono infatti a conquistare un solo punto lontano da Bergamo (con un pareggio per 0-0 a Catania). La retrocessione quindi si materializza alla penultima giornata, in seguito alla sconfitta patita a Napoli per 2-0.
Il ritorno di Percassi

La squadra in occasione della consegna della coppa "Ali della Vittoria" nel 2011
La stagione 2009-2010, oltre alla retrocessione, porta pure un'irreparabile rottura dei rapporti tra la dirigenza ed il resto del mondo atalantino (in primis tifosi e stampa), dovuta ad una serie di scelte sportive e gestionali rivelatesi errate, nonché ad un'assoluta mancanza di comunicazione tra le parti. Fu così che il 14 maggio 2010 Alessandro e Francesca Ruggeri, detentori del pacchetto azionario di maggioranza della società, annunciano la messa in vendita della proprietà neroazzurra.[17] Seguono settimane di intense trattative svoltesi nel più assoluto riserbo, durante le quali si alternano più nomi tra i papabili alla presidenza[18], fino al 4 giugno 2010, quando Antonio Percassi riesce ad acquisire il 70% delle azioni della società, ritornando alla guida degli orobici dopo sedici anni[19].0 Come allenatore viene scelto Stefano Colantuono che, dopo la mancata promozione in Serie A con il Torino della stagione precedente, torna alla guida degli orobici dopo tre anni[20], mentre come nuovo Direttore generale viene scelto Roberto Spagnolo[21]. Alla fine della stagione l'Atalanta centrerà l'obbiettivo societario, riuscendo sia a ritornare in Serie A con tre giornate di anticipo che a vincere il campionato con 79 punti, secondo miglior risultato di sempre dei neroazzurri dopo gli 81 conquistati sempre da Colantuono nel 2005-2006. Questa promozione, la tredicesima della storia societaria[1] permette all'Atalanta di stabilire il nuovo record di promozioni dalla serie cadetta al massimo campionato ed eguagliare il Genoa come numero di vittorie del campionato (6). Infine il 29 maggio, allo Stadio Atleti Azzurri d'Italia, la squadra riceve dal presidente di Lega Giancarlo Abodi la Coppa Ali della Vittoria che dal 2006 spetta di diritto ai vincitori del campionato di Serie B.
Tuttavia l'estate si rivela essere assai movimentata, in quanto già il 1º giugno 2011 Cristiano Doni viene inserito nella lista degli indagati nell'ambito dell'Operazione Last Bet: un'inchiesta su scommesse illegali nel calcio, basate sulla manipolazione dei risultati delle partite del campionato di Serie A, Serie B e di Lega Pro. La società, coinvolta in base al principio della responsabilità oggettiva, decide di tutelare la sua immagine affidandosi a un team di avvocati. Inizialmente vengono inflitti 6 punti di penalità alla squadra e tre anni e 6 mesi di squalifica a Cristiano Doni e tre anni a Thomas Manfredini. Nei successivi gradi di giudizio Manfredini viene prosciolto da ogni accusa; nonostante ciò, vengono mantenuti i 6 punti di penalizzazione alla società. L'Atalanta, pur continuando le azioni legali a difesa della società, inizia il campionato infilando un pareggio e tre vittorie consecutive che, senza penalizzazione, avrebbero permesso ai bergamaschi di rimanere soli in vetta del campionato dopo 4 giornate con 10 punti conquistati. Nel prosieguo dell'andata la squadra si mantiene costantemente al di sopra della zona retrocessione, terminando la prima parte del campionato con un buon margine sulla terz'ultima. Il 29 aprile 2012 grazie alla vittoria casalinga per 2-0 contro la Fiorentina la squadra conquista matematicamente la salvezza con 3 giornate d'anticipo, stabilendo il proprio record di punti fatti in Serie A (52), nonostante 3 sconfitte nelle ultime 3 giornate di campionato contro Milan, Lazio e Juventus. Luca Cigarini ed Ezequiel Schelotto, reduci da un'ottima annata nelle file nerazzurre, vengono convocati dal CT Cesare Prandelli per il ritiro pre Euro 2012 della Nazionale: i due nerazzurri verranno però esclusi in seguito dalla lista dei 23 convocati. Il 31 maggio l'Atalanta patteggia nella seconda fase dell'inchiesta di Cremona legata al calcioscommesse, iniziata un anno prima, vedendosi infliggere due punti di penalità da scontare nella stagione 2012-2013 oltre a 25.000 Euro di multa per la partita Padova-Atalanta, con la società punita per resposnabilità oggettiva. A Cristiano Doni, ormai ex capitano della squadra bergamasca, vengono inflitti altri due anni di squalifica.

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