Il nuovo Millennio
La Serie B è il solito labirinto indecifrabile, che designa le elette per la promozione nelle ultime battute del torneo. Il nuovo Cagliari affidato a Gianfranco Bellotto invece fa come i gamberi, parte bene ma crolla nel finale, proprio quando dovrebbe accelerare il ritmo. A nulla serve, se non a peggiorare il rendimento complessivo, il cambio di allenatore con l'arrivo di Giuseppe Materazzi. Insoddisfacente anche il rendimento dell'attaccante Cammarata, prelevato a preso d'oro dal Verona.
Niente rispetto a quanto accade l'anno successivo. La squadra passa dalle mani di Antonio Sala a quelle del duo Nuciari-Matteoli, sino a Nedo Sonetti, che porta la barca in porto, dopo aver sfiorato una clamorosa retrocessione. E' arrivato già Mauro Esposito, sta sbocciando pian piano il velocissimo attaccante honduregno David Suazo. Purtroppo i tifosi devono pazientare ancora. Sonetti viene licenziato prima di cominciare il nuovo campionato. Il ritorno di Giampiero Ventura non dà i frutti sperati: il Cagliari fallisce la promozione.
Per risalire, bisogna attendere l'anno successivo. Il "Sant'Elia" si riempie come ai bei tempi per ammirare le magie di Gianfranco Zola, il giocatore sardo più forte di sempre, tornato in Sardegna per chiudere la carriera, ma non per svernare, come dimostra subito sul campo. Anche se sino a gennaio si deve giocare a Tempio per l'indisponibilità dello stadio rossoblu. E' rientrato anche Gianluca Festa, altro cuore rossoblu. Dalla Torres, ecco Antonio Langella, ala potente dal carattere sanguigno. La squadra è fortissima, ma non decolla pienamente. Il Presidente Cellino a metà campionato opta per la sostituzione di Ventura con Edoardo Reja. Il nuovo allenatore rimette le cose a posto. Trascinato dai gol dei suoi attaccanti, il Cagliari torna finalmente in Serie A. L'apoteosi nella gara interna con la Salernitana.
Per il nuovo anno nella massima serie, cambia il tecnico. E' il turno del giovane Daniele Arrigoni, che prosegue sapientemente sulla scia del suo predecessore. Il Cagliari dà spettacolo, quando può scatenare la sua devastante forza offensiva. Meno brillanti gli esiti in trasferta, che portano soltanto ad un 8° posto in classifica, con la ciliegina della semifinale di Coppa Italia, persa ancora contro l'Inter. Esposito e Langella vengono chiamati in Nazionale da Marcello Lippi, che sta plasmando la squadra prossima campione del mondo.
Il 2005-2006 non è altrettanto felice. Senza Zola, che ha lasciato il calcio, i rossoblu faticano. In panchina si alternano Tesser, Ballardini e Sonetti. Solo con quest'ultimo, la squadra trova la rotta maestra e riesce a salvarsi con una giornata d'anticipo.
Cellino riparte dal giovane allenatore Marco Giampaolo, che bene ha fatto con Treviso e Ascoli. Il tecnico comincia bene, ma poi qualcosa si rompe e a dicembre perde il posto. La gestione Colomba, dopo un inizio incoraggiante, si rivela fallimentare, e Giampaolo viene richiamato. Alla fine, è salvezza col fiatone.
Giampaolo, confermato, ottiene carta bianca, disegnando la squadra, col suo amato 4-4-2. Partono per altri lidi Suazo, Esposito e Langella. Al loro posto, giovani interessanti ma tutti da valutare in A: Alessandro Matri, Robert Acquafresca, Joaquin Larrivey. I risultati però non sono all'altezza. Cellino ricorre a Sonetti, ma il vecchio condottiero ha perso smalto. Il Cagliari colleziona batoste umilianti, e a dicembre sembra già condannato, staccatissimo dalla zona salvezza. Il Presidente tenta la carta Ballardini, tra la sorpresa generale. Il tecnico emiliano nella sua breve precedente esperienza in rossoblu non era riuscito a vincere una partita. L'organico viene irrobustito con gli ingaggi del portiere Marco Storari e dell'attaccante brasiliano Jeda, e il ritorno del trequartista Andrea Cossu, cagliaritano purosangue. La rocambolesca vittoria sul Napoli è il segnale della riscossa. Nemmeno una sentenza della FIGC che toglie tre punti ai rossoblu (poi restituiti), ferma la marcia del Cagliari. Esplode Acquafresca: 11 i suoi gol a fine torneo. I rossoblu si salvano addirittura con una giornata d'anticipo, facendo esplodere d'entusiasmo i tifosi. I protagonisti di una salvezza che rimarrà negli annali come una delle più grosse imprese della storia della Società, compiono il giro della città a bordo di un autobus scoperto, acclamati dalla folla.
Il testimone passa da Ballardini a Massimiliano Allegri, ex centrocampista rossoblu anni '90. Il nuovo mister viene accolto con un pizzico di diffidenza: i tifosi lo ricordano come un giocatore molto dotato, ma anche indolente. Arriva il portiere Marchetti dall'Albinoleffe, a coprire il buco lasciato dalla partenza di Storari. L'inizio è agghiacciante. Cinque sconfitte in altrettante partite. Ce ne sarebbe abbastanza per salutare Allegri, ma il Presidente Cellino gli conferma la fiducia. Dopo un pareggio "tiepido" col Milan, i rossoblu cominciano a volare. Tornano in forma Jeda e Acquafresca, che a suon di reti trascinano la squadra addirittura ai margini della zona UEFA. Diventa una stagione memorabile, con le perle delle vittorie sul campo della Juventus (dopo 40 anni di digiuno), della Lazio e sull'Inter campione d'Italia. Viene stabilito il nuovo record dei gol segnati in trasferta, la difesa è la migliore in casa. Qualche scivolone nel finale, e il mancato approdo in Europa, non inficia quanto di buono combinato in precedenza: il 9° posto conclusivo merita solo applausi.
L'anno seguente la squadra, rinforzata in attacco dal brasiliano Nenè, parte fortissimo, insediandosi addirittura a un passo dal quarto posto. Dopo febbraio, tra infortuni e cali di forma, i rossoblu hanno un crollo verticale. I punti di vantaggio accumulati nei riguardi delle pericolanti sono tanti, quindi nessun problema di salvezza, ma ci si aspettava di più. Cellino esonera Allegri a cinque partite dalla fine, sostituendolo con il tecnico della Primavera Melis coadiuvato da Gianluca Festa. Nulla da fare, la vittoria rimane un miraggio. Ci si consola con le convocazioni di Biondini, Cossu e Marchetti in azzurro. Si riparte da Pierpaolo Bisoli, bandiera rossoblu rivelatosi allenatore vincente e creativo. Esperienza poco fortunata: la squadra non decolla. A novembre arriva sulla panchina rossoblu Roberto Donadoni.
L'ex tecnico della Nazionale riporta ordine e gioco nella compagine sarda e nonostante il "sacrificio" Matri, ceduto alla Juve in chiusura del mercato di Gennaio, conduce dignitosamente la squadra verso una tranquilla Salvezza.
Segue una stagione di fuoco che registra l'esonero in precampionato del tecnico bergamasco e il mancato accordo per il ritorno di David Suazo: tanti i volti nuovi nello spogliatoio. Avramov, Ekdal, El Kabir, Eriksson, Gozzi, Ibarbo, Larrivey (un deja-vu), Sampaio e Thiago Ribeiro sono gli elementi su cui si punta per non accontentarsi solo della salvezza. La guida tecnica è affidata a Massimo Ficcadenti che nelle giornate d'esordio fa sognore la tifoseria mantenendo la squadra ai primi posti della classifica, ma si dimostrerà un fuoco di paglia. Dopo la sconfitta di Bergamo ad opera dell'Atalanta Ficcadenti viene sostituito da Davide Ballardini, alla sua terza esperienza sulla panchina del Cagliari. La squadra comunque non inverte la rotta e continua a vivacchiare nella pancia del gruppo. A Gennaio con gli arrivi di Dessena e soprattutto Pinilla i rossoblù sembrano invertire la rotta ma ciò non consente a Ballardini di concludere la stagione: sulla panchina cagliaritana torna a sedersi Ficcadenti che conquisterà una sofferta salvezza soltanto a tre giornate dalla fine pur soccombendo con il Genoa sun neutro di Brescia.
Nota positiva del finale di stagione la conquista di un punto sul campo di Firenze dove i quattro mori uscivano sconfitti da oltre 20 anni consecutivamente.
Ma quest'ultima stagione (2011/12) passerà agli annali per l'immagine del Sant'Elia diffusa in tutto il monto a spalti pressochè deserti e per la conseguente forzata emigrazione verso il "Nereo Rocco" di Triente dove il Cagliari si vedrà costretto a disputare le ultime quattro gare interne del campionato.