Prima Cragnotti e dopo Lotito
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La scia di lutti e di guai prosegue anche nel decennio successivo. Durante il derby muore il tifoso laziale Vincenzo Paparelli colpito da un razzo lanciato dalla curva giallorossa. Un altro duro colpo si abbatte sulla società: scoppia lo scandalo del calcio scommesse. La Lazio è retrocessa inseguito alla sentenza del Caf e alcuni suoi importanti giocatori sono deferiti. In questa occasione la permanenza in Serie B è più lunga e dura ben tre anni. Solo nel 1983 i biancocelesti raggiungono la promozione grazie a un secondo posto. La permanenza nella massima serie avrà breve durata. È infatti tredicesima nella stagione 1983-84 ma l'anno dopo retrocede con il quindicesimo piazzamento. La storia si ripete a anche in questa occasione la Lazio avrà un purgatorio di tre anni.
Nel 1986, la Lazio fu colpita da una nuova penalizzazione di 9 punti (un colpo veramente duro, in un periodo in cui la vittoria comportava solamente due punti) per uno scandalo sempre su illecite scommesse, noto anche come Totonero-bis, che coinvolgeva il capitano Claudio Vinazzani. Ci fu in questa annata una dura ed estenuante lotta contro la retrocessione per non sprofondare in C, con la squadra guidata dal tecnico toscano Eugenio Fascetti e trascinata dalle reti di Giuliano Fiorini che la evitò solamente agli spareggi finali contro il Taranto e il Campobasso.
Questa fu una vera e propria svolta nella storia della squadra romana, che tornò in Serie A nel 1988 e, sotto un'attenta gestione del patrimonio finanziario da parte del presidente Gianmarco Calleri, si consolidò dal punto di vista economico e tecnico e cominciò così a competere per i primissimi posti della classifica.
L'insediamento del finanziere romano Sergio Cragnotti, avvenuto nel 1992, cambiò radicalmente la storia del club laziale grazie ai suoi importanti investimenti che portarono i biancocelesti a primeggiare in Italia e in Europa. Cragnotti batté ripetutamente tutti i record riguardo alle valutazioni del calciomercato, acquistando calciatori del calibro di Juan Sebastián Verón e Christian Vieri, con i quali superò di molto le cifre degli allora trasferimenti più costosi del mondo, e successivamente del centravanti argentino Hernán Crespo, acquisito quasi al prezzo doppio del centrocampista Verón.
La Lazio si piazzò seconda in Serie A nel 1995, terza nel 1996 e quarta nel 1997; si attestò nuovamente seconda a un solo punto dal Milan all'ultima giornata nel 1999 - su cui furono poi forti le polemiche per un presunto aggiustamento del campionato a favore del Milan - per poi finalmente vincere il suo secondo Tricolore nel 2000, anno in cui vinse anche la Coppa Italia, collezionando così (secondo gli standard italiani) un impressionante "Double" con lo svedese Sven-Göran Eriksson (1997-2001) come allenatore. Questi anni videro la squadra capitolina vincere altre due Coppa Italia, nel 1998 e nel 2004, oltre all'ultima Coppa delle Coppe disputata nel 1999, che conferì alla Lazio il primo titolo europeo a livello calcistico. Già nel 1998 la Lazio era arrivata in una finale europea, quella di Coppa UEFA contro l'Inter, ma aveva perso con un netto 3-0.
In quell'anno, comunque, i biancocelesti vinsero la loro prima Supercoppa Italiana (successo che sotto Cragnotti si sarebbe anche ripetuto nel 2000) e il loro secondo titolo europeo nel 1999, la Supercoppa UEFA contro gli allora Invincibili del Manchester United. Inoltre, nel 1998 divenne il primo club di calcio italiano ad essere quotato in Borsa. A partire dal 2002, anche a seguito di alcuni problemi finanziari del presidente Cragnotti e della sua società, la Cirio, i risultati della Lazio iniziarono a peggiorare, anche perché il club fu costretto a privarsi delle proprie maggiori stelle, compreso il capitano e simbolo Alessandro Nesta. Nell'estate 2004, dopo una gestione di due anni guidata dal gruppo bancario Capitalia, con alla guida della società il presidente Ugo Longo, la Lazio si ritrovò sull'orlo della bancarotta, nonostante due aumenti di capitale in gran parte sottoscritti dai tifosi delle Aquile.
Nel luglio 2004 l'imprenditore romano Claudio Lotito acquistò infine il club biancoceleste grazie a un accordo con i vertici di Capitalia, e lo stesso patron laziale riuscì a salvare la società dal fallimento grazie ad una transazione con l'Agenzia delle Entrate per la rateizzazione in 23 anni dei debiti accumulati dalla S.S. Lazio col Fisco nel marzo 2005. Dopo un anno di transizione, che vide il ritorno alla Lazio dell'attaccante Paolo Di Canio, una sconfitta nella finale di Supercoppa Italiana contro il Milan, ed una qualificazione in Intertoto, nell'anno successivo le Aquile, sotto la guida tecnica del mister Delio Rossi, arrivarono fino alla qualificazione per la Coppa UEFA 2006-2007, ma a causa dello scandalo di Calciopoli fu estromessa dalle competizioni europee e penalizzata di 11 punti, ridotti poi a 3, in campionato per la stagione successiva. In quest'ultima, comunque, la Lazio riuscì a piazzarsi terza guadagnando l'accesso alla Champions League dell'annata seguente.
Il primo trofeo dell'era Lotito risale al 2009, quando la Lazio vinse la sua quinta Coppa Italia. A fine stagione Rossi fu sostituito dal ravennate Davide Ballardini, che mise in bacheca la terza Supercoppa Italiana biancazzurra, battendo nella finale di Pechino i campioni d'Italia in carica dell'Inter. Il 9 febbraio 2010 Edoardo Reja viene chiamato dal presidente Lotito alla guida della Lazio al posto dell'esonerato Ballardini, con la missione di centrare il prima possibile l'obiettivo salvezza; questo traguardo è stato raggiunto, dopo una lunga rincorsa, alla penultima giornata di campionato. Le due annate successive però sono quelle del riscatto, con la Lazio che ottiene un quinto ed un quarto posto in classifica, mancando per poco la qualificazione ai preliminari di Champions League in entrambi i casi, riuscendo comunque a conquistare l'ingresso in Europa League, rilanciandosi definitivamente in ambito nazionale ed internazionale.
Il 2 giugno 2012, dopo aver interrotto il rapporto con Reja, la società romana annuncia come nuovo allenatore il bosniaco Vladimir Petković.
