Lauro e le sue coppie vincenti
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Gli anni '40: la retrocessione in B e la riscossa dopo la guerra
Poco fortunata risulta invece la scelta del nuovo mister Adolfo Baloncieri che conduce la squadra sull'orlo della retrocessione, scampata grazie a un una migliore differenza reti rispetto al Liguria. Avvicendamento anche alla presidenza della società: Lauro si dimette e al suo posto arriva Gaetano Del Pezzo. Scelte che sembrano dare i loro frutti se nella stagione 1940-41 il Napoli si classifica settimo. Senza più campioni il Napoli retrocesse in Serie B al termine del campionato 1941/42. Nella stagione 1942/43 il Napoli arrivò terzo in serie B ma questo non bastò per tornare in Serie A.
La società cessa ogni attività nel 1943 per gli eventi tragici della guerra. Nel 1944 nascono due distinte realtà societarie dalla cui fusione si costituì l'Associazione Polisportiva Napoli che solo nel 1947 ritornerà a chiamarsi A.C. Napoli. Nel 1945 con la fine della seconda guerra mondiale riprende il campionato di Serie A che venne suddiviso in due gironi: al primo parteciparono le squadre di Serie A del Nord e nel secondo le squadre di Serie A e B del Centro-Sud. Il Napoli, nonostante fosse una squadra di Serie B riuscì a vincere il proprio girone a pari merito col Bari qualificandosi per il girone finale a otto squadre in cui arrivò quinto alle spalle di Torino, Juventus, Milan e Inter.
Nella stagione successiva il campionato di Serie A torna al girone unico, il Napoli è ripescato insieme al Bari in serie A perché erano riuscite a qualificarsi al girone finale. Il Napoli tornò così nella massima serie ma al termine del campionato 1947/48 retrocesse ancora in Serie B per un illecito sportivo. Ci vorranno due anni per risalire la china.
Gli anni '50: Jeppson-Vinicio detta la coppia "H-V"
Tornato in serie A, in vista della stagione 1950-1951 il Napoli si rinforzò prelevando dalla Roma Amedeo Amadei, che militò in maglia azzurra per sei stagioni, segnando in totale quarantasette reti. Nelle due successive stagioni il Napoli arrivò consecutivamente sesto in classifica. Il presidente Lauro, per la stagione 1952-1953, acquistò dall'Atalanta il centroavanti svedese Hasse Jeppson. Si era messo in mostra ai mondiali del 1950, svolti in Brasile. Sembrava dovesse andare all'Inter, ma per l'allora stratosferica cifra di centocinque milioni di lire fu ingaggiato dal Napoli, nel quale disputò quattro campionati. L'enorme cifra pagata per il suo acquisto portò i tifosi partenopei a coniare per lui il soprannome di "'o Banco 'e Napule".
La squadra venne ulteriormente rinforzata con gli acquisti di Giancarlo Vitali dalla Fiorentina e del "petisso" Pesaola dal Novara. L'inizio non fu tuttavia dei migliori e dopo le tre sconfitte contro Lazio, Inter e Fiorentina, Lauro cercò di addossare tutte le responsabilità sull'allenatore Monzeglio, accusandolo di aver voluto lui acquistare Jeppson; Monzeglio, furioso, rassegnò le dimissioni, costringendo Lauro a rifiutarle e a chiedergli scusa pubblicamente; la squadra si riprese e, trascinata dalle 14 reti di Jeppson, conquistò un buon quarto posto (1952-1953), dietro Inter, Juventus e Milan. Nella stagione successiva Jeppson migliorò ancora il suo record di reti segnate in una stagione, raggiungendo quota 20, ma nonostante ciò la squadra si classificò soltanto quinta (1953-1954), mentre nella stagione successiva si piazzò sesta (1954-1955).
A questo punto l'Inter tornò alla carica tentando di convincere Lauro a cederle Jeppson e, di fronte alla volontà del giocatori di trasferirsi alla società neroazzurra, Lauro gli diede prima via libera al trasferimento, ma poiché era un bomber al quale non poteva rinunciare, inviò il suo autista all'aeroporto a fermare la partenza dell'asso e lo fece ritornare alla flotta, dove lo convinse a restare al Napoli, "punendolo" però per aver avuto l'idea di lasciare la squadra riducendogli l'ingaggio. Jeppson restò per altre due stagioni al Napoli, segnando in totale 52 reti in 112 partite disputate in azzurro.
Nel 1955 arrivò dal Brasile, via Lazio, Luís Vinício (subito ribattezzato dai tifosi 'o Lione per la grinta che lo caratterizzava) che in coppia con Jeppson diede vita alla coppia "H-V" che fu schierata per la prima volta in campo nella partita contro la Pro Patria (quinta giornata), vinta per 8-1 dagli azzurri con tripletta di Vinício e doppietta di Jeppson. I due, nonostante la fama, non diedero al Napoli i frutti sperati, anche perché poche furono le occasioni nelle quali vennero schierati insieme in formazione. Dopo una serie di risultati negativi, tra cui una sconfitta contro l'Inter, Monzeglio venne esonerato e sostituito da Amadei, che schierò poche volte i due insieme in formazione, e solo nelle ultime giornate. Il Napoli in quella stagione deluse arrivando solo quattordicesimo in classifica, nonostante i sedici gol di Vinicio e le 8 reti di Jeppson.
La stagione 1956-1957 vide la fine definitiva del tandem Jeppson-Vinício, con la cessione del primo al Torino. In campionato i miglioramenti rispetto alla stagione precedente fruttarono solo un undicesimo posto. Tra le poche "imprese" del Napoli di quegli anni ci furono le due vittorie contro la Juventus nella stagione 1957-1958: all'andata a Torino finì 3-1 per il Napoli grazie alle parate fenomenali di Bugatti, sceso in campo con trentotto gradi di febbre. Charles dopo la partita disse "Ci fosse stato un altro portiere al posto di Bugatti, fra i pali della porta del Napoli, avremmo vinto 7-3".
Al ritorno, il Napoli realizzò un'altra impresa vincendo 4-3. In quella stagione gli azzurri arrivarono quarti in campionato dietro a Juventus, Fiorentina e Padova. Per la stagione 1958-1959 fu ingaggiato per far coppia con Vinício il brasiliano Emanuele Del Vecchio. Neanche questa coppia, come quella Jeppson-Vinício, funzionò. Del Vecchio marcò tredici gol, Vinício sette: il Napoli arrivò al nono posto.
Nella stagione successiva il Napoli lasciò l'ormai angusto stadio del Vomero e il 6 dicembre 1959 inaugurò il nuovo stadio San Paolo di Fuorigrotta nella partita che oppose gli azzurri alla Juventus, terminata con la vittoria del Napoli per 2-1. Questo fu però l'unico avvenimento di notevole importanza in quell'anno, poiché il resto della stagione della compagine partenopea fu poco più che anonimo e il risultato finale fu solo un quattordicesimo posto. A giugno lasciarono la squadra Vinício e Pesaola.
