L'inizio dell'era Squinzi
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Gli anni Novanta
Il ritorno nei dilettanti vede l'abbandono di Squinzi, che si defila preferendo le sponsorizzazioni ciclistiche e la conseguente cessione dei pezzi più importanti, come Marco Schenardi, prelevato dal Bologna, dell'allora presidente Corioni, il quale lo piazza momentaneamente nella sua società satellite Ospitaletto.
Gli emiliani vengono inseriti nel girone C, dove ritrovano vecchie avversarie come la Virtus Roteglia, il Fanfulla, Reggiolo, Vogherese, Crema e Brescello. La formazione sassolese che si piazza dunque a centro classifica.
Stessa posizione raggiunta anche nelle due annate successive. Quinto posto invece nel campionato 1993-94, mettendo in evidenza il bomber Spezia con 16 centri, secondo solo al mitico Pompini che ne siglò 17 nella Casalese. Altro 7º posto nel 1994-95 e 6º nel campionato seguente dove si evidenzia il tandem d'attacco Luconi (18 gol) e Mollica (otto gol).
La stagione 1996-97 è invece di sofferenza nonostante un duo d'attacco formato sempre da Luconi (14) e da Paraluppi (13), tornato alla base dopo un lungo girovagare nelle squadre emiliane di categoria. Arriva una salvezza stentata per un solo punto, che vale però come trampolino di lancio per la stagione seguente, che segna una nuova era per il Sassuolo con il riavvicinamento di Squinzi e di conseguenza della Mapei, con Giorgio Mariani che ritorna nelle vesti di general manager.
Il girone C del Cnd, vede un lungo duello tra Trento e Sassuolo, che hanno tra le proprie fila l'ex comasco Oreste Didonè, con le due squadre che conquistano gli stessi punti sia all'andata che al ritorno. Inevitabile quindi lo spareggio che viene disputato allo stadio di Masnago a Varese.
Trentini trascinati da Daniele Giulietti che segna 20 reti. La promozione si decide ai rigori con i gialloblu che hanno la meglio sui neroverdi per 5-4. Per il Sassuolo arriva comunque la promozione in C2 con un ripescaggio per inadempienze finanziarie di altre società.
Ai nastri di partenza della C2, con l'iscrizione nel girone B, con squadre adriatiche, i verde-neri si presentano con Baldelli alla presidenza, Mariani come G.M. e l'ex centrocampista del Pisa Stefano Garuti in panchina. In campo il portiere Bizzarri, il difensore Rosario Biondo, che poi approderà in Serie A e Serie B, il centrocampista ex Padova Andrea Cuicchi oltre ad una buona punta di categoria come Ramacciotti.
La squadra non ingrana e soffre il salto di categoria, Garuti viene sostituito da Roberto Busi, che guida la formazione al 10º posto. Nel campionato 1999-2000 arriva la salvezza con allenatore l'esperto Gianni Balugani in porta anche Graziano Vinti (ex Perugia).
Il nuovo secolo
Stagione 2000-2001: per gli emiliani arriva una salvezza sofferta con un solo punto di vantaggio dai play-out. In evidenza l'esterno sinistro Emanuele Pennacchioni autore di otto reti. Nel campionato successivo i neroverdi passano nel girone C, si salvano solo ai play-out superando il Faenza (0-0 e 1-0).
Una stagione tormentata con continui cambi di allenatore da Balugani a Magnani, Lamagni ancora Magnani per concludere con il solito Balugani. Sassuolo che presenta ancora Vinti, oltre a Di Cintio una della tante promesse non mantenute del calcio italiano, Battafarano, Dal Compare ed il fratello maggiore di Ciccio Ruopolo, Luca (81), in una stagione che vede l'avvicinamento ulteriore di Squinzi e la Mapei con la presidenza che passa a Belfasti.
Prospettive che paiono buone per la stagione 2002-2003, che invece si rivela un disastro.
Arrivano buoni giocatori di categoria come Terrera, Lambrughi e Leoni, ma anche qualche fiasco clamoroso dalle giovanili delle squadre maggiori. In panchina Cesare Maestroni, ma la squadra non gira arriva come sempre Balugani a sistemare le cose, oltre al rinforzo di Marco Giandebiaggi, che arriva a Sassuolo in pratica a chiudere la carriera. La formazione neroverde raccoglie solo 32 punti che portano al penultimo posto con i play-out contro l'Imolese. Il Sassuolo retrocede in virtù delle due sconfitte sempre per 2-1. In estate arriva però arriva il ripescaggio, sempre per inadempienze finanziarie di diverse società di Serie C.
La stagione successiva il club torna nel girone A, partendo con ben altre ambizioni con la Mapei che entra decisamente a prendere le redini finanziarie, con gli innesti del difensore Ardenghi, Santunione, degli attaccanti Sforzini, Semprini e Federici, oltre del giovane Gilioli in prestito dal Modena. Ben presto la formazione sassolese si trova a sul fondo. Chiude il girone di andata a 12 punti ed a Balugani subentra l'ex difensore della Lazio Cristiano Bergodi.
Stagione regolare terminata al penultimo posto con soli 27 punti all'attivo e quindi ennesimi play-out, questa volta contro la blasonata Pro Vercelli. Le bianche casacche bicciolane, vengono sconfitte in Emilia per 2-1 (Morello e Federici per il Sassuolo e Tozzi-Borsoi per i piemontesi), mentre al ritorno una rete in avvio di gara di Federici, chiude ogni discorso con la gara che termina sull'1-1 finale consegnando la salvezza ai neroverdi.
Nel 2004-05 il patron Squinzi decide di dare l'assalto alla categoria superiore, affidando le chiavi della squadra al D.S. Nereo Bonato (ex portiere del Brescello dei miracoli). In panchina arriva Giuseppe Brucato che aveva fatto bene nei campionati minori piemontesi, in particolare al Moncalieri. La rosa viene rinforzata, inserendo elementi che poi saranno l'asse portante per le stagioni a venire.
Dal Monza arrivano il centrocampista Filippo Pensalfini (cresciuto nelle giovanili del Cesena), Benetti, Pagani e Piccioni mentre dall'Udinese Margheriti e dal Verona si ottiene la riconferma del prestito del giovane attaccante Sforzini e la stessa cosa avviene con il Modena per Cris Gilioli. Il girone di andata non è certo dei migliori con 21 punti conquistati così al mercato di gennaio arrivano gli inserimenti di giocatori come Serrapica, centrocampista di sostanza ex Prato, e del bomber Andreini (ex Varese ora alla Pro Vercelli).
La squadra cambia marcia e centra i play-off a quota 52, con l'ultimo posto disponibile. In semifinale trova il Pizzighettone (poi promosso in C1) dell'ex portiere biancoblu Arcari. I cremonesi sbancano all'andata Sassuolo con una rete di Parmesani al 90', con la gara di ritorno che si chiude sull'1-1, con i sassolesi in vantaggio con Andreini e poi raggiunti da Tacchinardi.
